Terminada la guerra civil se vuelven a constituir las Comisiones Gestoras, siendo designado el Presidente, a partir de entonces, a través del Gobierno de la provincia. La Comisión Gestora de Jaén se constituyó en sesión extraordinaria de 14 de abril de 1939 y permaneció hasta abril de 1949, año en que se constituyen nuevas Diputaciones y se vuelve a la denominación de Pleno.

Reaparece la figura del Gobernador como presidente nato de la Diputación, ejerciendo funciones disciplinarias y protectoras respecto a las entidades locales. Las funciones del presidente se reducen a presidir las sesiones de la Corporación cuando no asista el Gobernador, ejecutar sus acuerdos y ejercer todas aquellas funciones de la competencia provincial no atribuidas a la Diputación.

La Ley de Bases de Régimen Local de 17 de julio de 1945, supuso un cambio brusco en la organización jurídica y económica de la provincia.

Según esta disposición el Gobernador sigue siendo el presidente nato de la Diputación y el Presidente será nombrado y separado por el Ministerio de la Gobernación. No obstante, al no entrar la citada ley en vigor hasta 1950, encontramos que durante estos años, de 1945 a 1949, el Presidente sigue siendo nombrado por el Gobernador Civil.

Presidentes de 1939 a 1949

Presidentes de 1950 a 1975