El fondo del “Hospital de San Juan de Dios” ha sido organizado de manera orgánico-funcional. El cuadro de clasificación del fondo es el siguiente:
| Orden | Denominación | Fechas extremas | Volumen | |||
| Inicial | Final | Leg. | Libro | Otros | ||
| 1 | Gobierno | |||||
| 1.1 | Disposiciones y órdenes | 1506 | 1849 | |||
| 1.2 | Reglamentos y organización | 1835 | 1971 | |||
| 1.3 | Pleitos | 1492 | 1839 | |||
| 1.4 | Convenios para prestación de servicios | 1941 | 1970 | |||
| 1.5 | Registro de novicios de la Orden de San Juan de Dios | 1738 | 1832 | 1 | ||
| 1.6 | Libro de profesiones de novicios de la Orden de San Juan de Dios | 1691 | 1832 | 1 | ||
| 1.7 | Libro de religiosos difuntos de la Orden de San Juan de Dios y memorias que han de cumplir | 1793 | 1834 | 1 | ||
| 1.8 | Disposiciones a la Orden de San Juan de Dios | 1596 | 1833 | |||
| 2 | Administración de bienes y propiedades | |||||
| 2.1 | Documentos fundacionales | 1607 | 1699 | |||
| 2.2 | Títulos de propiedad | 1488 | 1856 | |||
| 2.3 | Libros Protocolos | 1619 | 1833 | 2 | ||
| 2.4 | Inventarios de bienes | 1494 | 1945 | |||
| 2.5 | Arrendamientos | 1493 | 1884 | |||
| 2.6 | Arbitrios y otras rentas | 1544 | 1843 | |||
| 2.7 | Registro de bienes desamortizados o vendidos | 1855 | 1868 | 1 | ||
| 3 | Estancias | |||||
| 3.1 | Altas y bajas de enfermos | 1835 | 1973 | |||
| 3.2 | Estadística de enfermos | 1853 | 1973 | |||
| 3.3 | Registro de asistencia a militares | 1781 | 1820 | 1 | ||
| 3.4 | Registro de vacunaciones | 1909 | 1 | |||
| 4 | Gestión económica | |||||
| 4.1 | Cuentas | 1577 | 1917 | |||
| 4.2 | Libros de Hacienda | 1758 | 1833 | 7 | ||
| 4.3 | Libro de cuentas de la Obra Pía de Convalecientes | 1705 | 1792 | 1 | ||
| 4.4 | Libros de cargos | 1855 | 1 | |||
| 4.5 | Libro general de gastos | 1862 | 1865 | 1 | ||
| 4.6 | Libro de cuentas corrientes | 1881 | 1882 | 1 | ||
| 4.7 | Libro de salida de caudales | 1865 | 1866 | 1 | ||
| 4.8 | Libros de intervención de ingresos | 1863 | 1866 | 2 | ||
| 4.9 | Libro de cuentas corrientes de inscripciones de deuda | 1876 | 1879 | 1 | ||