El fondo de la “Casa Cuna y Maternidad”, ha sido organizado de manera orgánico-funcional. El cuadro de clasificación de dichos fondos es el siguiente:
| Orden | Denominación | Fechas extremas | Volumen | |||
| Inicial | Final | Leg. | Libro | Otros | ||
| 1 | Gobierno | |||||
| 1.1 | Reglamentos y organización | 1847 | 1966 | |||
| 1.2 | Disposiciones y órdenes | 1499 | 1823 | |||
| 1.3 | Pleitos | 1543 | 1849 | |||
| 1.4 | Registro de entrada y salida de correspondencia | 1940 | 1943 | 1 | ||
| 2 | Administración | |||||
| 2.1 | Documentos fundacionales | 1582 | 1652 | |||
| 2.2 | Títulos de propiedad | 1463 | 1845 | |||
| 2.3 | Inventario de bienes | 1645 | 1852 | |||
| 2.4 | Arrendamientos | 1604 | 1839 | |||
| 2.5 | Arbitrios y otras rentas | 1499 | 1852 | |||
| 3 | Acogidos | |||||
| 3.1 | Expedientes de acogidos | 1845 | 1964 | |||
| 3.2 | Estadística de acogidos | 1846 | 1971 | |||
| 3.3 | Registros de ingresos de expósitos | 1729 | 1971 | 28 | ||
| 3.4 | Libros de Bautismos | 1882 | 1965 | 2 | ||
| 4 | Contabilidad | |||||
| 4.1 | Cuentas | 1646 | 1899 | |||
| 4.2 | Libros de Hacienda | 1648 | 1816 | 3 | ||
| 4.3 | Registro de pagos a amas de lactancia | 1846 | 1847 | 1 | ||
| 4.4 | Libro de cargos de Maternidad y Hospicio de Mujeres | 1855 | 1 | |||
| 4.5 | Libros de entrada o salida de caudales de Maternidad y Hospicio de Mujeres | 1857 | 1866 | 2 | ||
| 4.6 | Libros de gastos de Maternidad y Hospicio de Mujeres | 1859 | 1865 | 3 | ||
| 4.7 | Libro de datas de expósitos | 1854 | 1 | |||
| 4.8 | Libro de cartas de pago en concepto de alcabalas de la Obra Pía de expósitos | 1610 | 1721 | 1 | ||
| 5 | Hijuelas | |||||
| 5.1 | Hijuela de expósitos de Alcalá la Real | 1849 | 1959 | |||
| 5.2 | Hijuela de expósitos de Alcaudete | 1849 | 1884 | |||
| 5.3 | Hijuela de expósitos de Andújar | 1849 | 1882 | |||
| 5.4 | Hijuela de expósitos de Baeza | 1849 | 1970 | |||
| 5.3 | Hijuela de expósitos de Úbedar | 1849 | 1936 | |||